Timnas U-16 Indonesia harus menanti 16 tahun untuk bisa menjadi juara Piala AFF U-16.
Sejak mengikuti Piala AFF U-16 pertama kali tahun 2002, usaha Indonesia untuk meraih trofi selalu gagal.
Pada tahun 2002 ketika menjadi tuan rumah bersama Malaysia, Indonesia harus puas meraih peringkat ketiga.
Kala itu Indonesia menekuk Malaysia 1-0.
Pada Piala AFF U-16 2007 di Kamboja, Indonesia juga lolos ke semifinal.
(Baca juga: Niat Persija Rekrut Zulkifli Syukur Terhalang oleh PSM)
Namun, di semifinal Indonesia dikalahkan Laos dan akhirnya menempati peringkat keempat setelah ditekuk Vietnam lewat adu penalti.
Pada Piala AFF U-16 2010 yang digelar hanya satu grup karena diikuti 4 tim, Indonesia di peringkat keempat setelah ditekuk Timor Leste.
Indonesia kemudian merengkuh final pada Piala AFF U-16 2013 di Myanmar.
Sayang, Indonesia dikalahkan Malaysia 3-2 dalam adu penalti setelah bermain 1-1 dalam waktu normal.