Ke-36 klub itu dibagi ke 9 grup, yang masing-masing berisi 4 tim.
Sembilan grup itu masih diklasifikasikan, yang terdiri dari 3 grup di Zona Asia Barat (Grup A–C), 3 grup di Zona ASEAN (Grup F–H), serta 1 grup di Zona Asia Tengah (Grup D), Zona Asia Selatan (Grup E), dan Zona Asia Timur (Grup I).
Semua klub itu berebut 11 tempat di fase knockout.
Baca Juga: Persib dan Persija Belum Pasti Bertemu di 8 Besar Piala Indonesia karena Ini
Baca Juga: Persib Minta Maaf kepada Arema FC dan Aremania gara-gara Video Rasial
Baca Juga: Kata Ghozali Siregar Soal Gol Penentunya ke Gawang Arema FC
Di fase penyisihan grup, setiap klub melakoni laga home-away(kandang-tandang).
Juara dari setiap grup dan terbaik di Zona Asia Barat dan Zona ASEAN melaju ke semifinal zona atau kawasan.
Sedangkan juara setiap grup di Zona Asia Tengah, Asia Selatan, dan Asia Timur melaju ke semifinal play-off antar-zona.
Pada Piala AFC 2018, Persija lolos hingga ke semifinal zona ASEAN.