Dengan barisan bintang lokal dan didukung pemain asing berkualitas, Persija sebenarnya mencatatkan hasil manis dengan menembus dua final yakni Liga Indonesia dan Copa Indonesia. Namun sayang, Dewi Fortuna belum memihak ke kubu Persija dan harus puas duduk di peringkat kedua di dua ajang itu.
Tercatat Persija dikalahkan oleh Persipura Jayapura di partai final Liga Indonesia 2005 dengan skor 3-2.
Gol dari Agus Indra dan Francis Wewengkang masih belum bisa membuat Persija juara karena Persipura menceyak gol lewat Boaz Solossa, Korinus Fingkreuw, dan Ian Kabes.